Wanita itu, Musubi, adalah makhluk unik yang dikenal sebagai 'Sekirei,' makhluk luar angkasa humanoid dengan kemampuan luar biasa. Namun, jalannya masa depannya yang tampaknya suram berubah secara dramatis ketika seorang wanita cantik supernatural jatuh dari langit dan masuk ke dalam hidupnya. Remaja yang berjuang namun brilian Minato Sahashi telah gagal dalam ujian masuk perguruan tinggi untuk kedua kalinya, sehingga dia dianggap tidak berharga oleh orang-orang di sekitarnya.